交通运输系源于1960年成立的农机系汽车拖拉机教研室，1983年与河南省交通厅联合创建“汽车运用工程”本科专业，1998年调整为交通运输专业并成立交通运输系。本专业是河南省最早建立的交通运输、汽车运用、物流工程方向的教学与科研基地，也是全国农业高等院校中最早开设的交通运输类本科专业，2005年被确定为校级重点学科，并被评为首届河南农业大学特色专业。
    交通运输系现有成员16人，其中教授1人、副教授5人、讲师5人，高级实验员及实验员5人；教师中有博士（后）3人、在读博士2人，硕士4人。所属的车辆动力实验室下设整车、发动机性能测试、油料分析等分实验室。
    交通运输系重视教学工作，多次获得省、校级教学方面的表彰，拥有省级以上优秀教师和学术带头人，具有省级和校级精品课程，多次荣获省级以上教学成果奖。
交通运输系积极参与科学研究工作，完成和在承担项目30余项，其中国家级项目5项，省部级项目10余项；发表学术论文200多篇，其中SCI、EI等收录20余篇；获得国家发明专利多项。
    交通运输系主动结合地方经济发展，积极开展与各级政府、企事业单位的合作和联合办学，先后在周口、商丘、许昌等地建有教学、科研实习基地。
交通运输系注重学科队伍、人才培养、科学研究、实验室建设等方面的工作，正积极筹建增设汽车服务工程本科专业、申请交通运输规划与管理专业硕士点，为培养更全面、多层次的专业化人才创造更为良好的条件。